A compensação dentro do programa Carbon Free é voluntária e começa com a mensuração das emissões de gases do efeito estufa relacionadas a um produto ou atividade. Os valores são convertidos em carbono equivalente e então é calculada a área de floresta na Mata Atlântica necessária para absorver e estocar esse carbono. O padrão Iniciativa Verde de compensação de emissões e restauro florestal visando a fixação de carbono atmosférico segue as diretrizes estabelecidas pelo Protocolo Carbon Free, formulado com o intuito de estabelecer orientação para projetos voluntários de reflorestamento para compensação de emissões de gases de efeito estufa. Estes restauros têm por objetivo não só remover e estocar carbono da atmosfera, mas agregar valores que ampliem a qualidade ambiental de paisagens rurais, maximizando benefícios para a biodiversidade, recursos hídricos e conservação do solo.

Os plantios da Iniciativa Verde visam a restauração ecológica de áreas degradadas na zona rural, e são conduzidos por equipes especializadas, portanto não comportam a participação de voluntários e apoiadores.

A Iniciativa Verde atua predominantemente dentro do bioma da Mata Atlântica, com foco no estado de São Paulo e no sul de Minas Gerais, na região da Serra da Mantiqueira, porém tem projetos em parceria com outras instituições no cerrado paulista também. Os restauros são feitos em áreas de preservação permanente em propriedades rurais e Unidades de Conservação.

As emissões de gases do efeito estufa são estimadas a partir de bases de dados como o GHG Protocol, adaptado para o Brasil pela Fundação Getúlio Vargas, e outras pesquisas científicas.

O restauro florestal é projetado levando-se em conta critérios de máxima diversidade de espécies estabelecidos pela Secretaria de Meio Ambiente do Estado de São Paulo (Resolução SMA Nº 32 DE 03/04/2014) e respeitando as características do ecossistema local. Sempre são plantadas espécies nativas, respeitando critérios de divisão por classe de sucessão e condições específicas do local escolhido, visando restaurar a vegetação nativa da área ao mais próximo possível de sua condição original.

O preço "por árvore" nos programas da Iniciativa Verde é uma média do custo das atividades de plantio ou semeadura, manutenção e monitoramento dentro de uma área inteira de restauração. Inclui gastos como cercamento da área, tratamento do solo, combate a pragas, compra de mudas ou sementes, reparo de danos causados por animais, incêndios ou outros fatores. E ainda o acompanhamento técnico da área até que ela atinja os parâmetros necessários para ser considerada uma floresta independente, capaz de continuar a se desenvolver sozinha.